自中国共产党取得中国大陆政权以后，许多卫理公会的教友随国民政府撤退到台湾。这些撤退来台的教友，希望在这苦难的环境中，能成立一座教会，俾便于彼此激励、互相帮补。因此在民国四十一年初，黄安素会督偕同华纳会督和富品德博士前来台湾视察教友们的需要。我们的差会由于黄会督的报告和极力请求，总会同意在台湾拓展教会及信仰扎根的工作。在民国四十一年底，聂树德牧师和聂安真师母奉差派为这一承诺作先驱来到台湾，正式开始卫理公会及本堂在中华民国台湾省的圣工。

民国四十二年：
1月 黄会督夫妇偕同聂树德牧师开始在新置的聂树德牧师住所(仁爱路二段)举行崇拜。
3月8日 迁到汉口街15号，东吴夜校补习班三楼的一间教室。这是我们崇拜开始的第一天。
6月21日 台北卫理堂正式成立，接受分别来自大陆十六个省份的教友92人。由聂树德牧师及师母负责。 9月 穆蔼仁牧师及师母来台湾，协助发展教会工作。

民国四十三年：
7月 教育部正式承认东吴大学法学院，由施季言先生出任董事长。
8月 卫理堂自汉口街迁到新生南路一段113号铝制屋顶新堂。

民国四十四年：
2月 原在江西九江任牧职的裴敬思医生和师母于43年12月来台，自本月开始医疗服务。

民国四十六年：
3月3日 黄会督主持台北新教堂之动土开工典礼。
7月21日 台北生命活水诊所举行奉献礼，由斐敬思医师看诊。
11月17日 美国费城年会柯逊会督为台北卫理堂行奠基礼。费城地区各教会捐助五万元美金，作为台北卫理堂之建堂费用，本地教会教友也捐献了折合一万二千多元美金的新台币。

民国四十七年：
9月 台北卫理幼稚园开始招生，有学生48人。
9月19日 黄会督为台北卫理堂新堂举行献堂礼，新堂可容纳一千多人。原有台北卫理堂之铝制屋顶教堂，迁至阳明山福音园，作教堂及宿舍。卫理幼稚园开始招生。

民国四十九年：
8月17日 台北卫理堂永和会所成立，方大林牧师任主任牧师。
10月17日 施梅士会督在士林外双溪为卫理女中举行动土典礼。

民国五十年：
4月9日 松山家庭聚会(恩友堂前身)开始。
4月16日 永和天恩堂于正式成立，方大林牧师任主任牧师。
4月23日 树林家庭聚会于开始。
9月10日 台北城中会所成立。
25日 卫理女子中学正式开学，有学生184人，陈纪彝女士任校长。

民国五十一年：
4月15日 聂树德牧师为永和天恩堂举行奠基礼。
9月2日 松山教会成立，有五十七位基本教友，高雄牧师为主任牧师。
9月23日 光复路教会成立，有基本教友52人，刘子哲牧师任主任牧师。
10月14日 树林会所在租用会堂内开始崇拜。

民国五十二年：
3月8日 是中华基督教卫理公会在台湾工作的开始。执事部会议决定，在生命活水诊所二楼之上加盖三楼，作为“青年活动中心”，以推动青年工作。
由多数本堂会友组成之“城中教会”正式成立。

民国五十三年：
8月 彭传经牧师离台返港。聂树德牧师全家返台，继续主持本堂工作。活水诊所新添三楼建筑，作为青年活动中心。

民国五十六年：
2月 财团法人登记完成。

民国六十一年：
3月 美国联合卫理公会差会，因政策经济因素而撤退，本会即开始由华人担任会长，成为自立自养的教会发展至今。