自中國共產黨取得中國大陸政權以後，許多衛理公會的教友隨國民政府撤退到台灣。這些撤退來台的教友，希望在這苦難的環境中，能成立一座教會，俾便於彼此激勵、互相幫補。因此在民國四十一年初，黃安素會督偕同華納會督和富品德博士前來台灣視察教友們的需要。我們的差會由於黃會督的報告和極力請求，總會同意在台灣拓展教會及信仰紮根的工作。在民國四十一年底，聶樹德牧師和聶安真師母奉差派為這一承諾作先驅來到台灣，正式開始衛理公會及本堂在中華民國台灣省的聖工。

民國四十二年：
1月 黃會督夫婦偕同聶樹德牧師開始在新置的聶樹德牧師住所(仁愛路二段)舉行崇拜。
3月8日 遷到漢口街15號，東吳夜校補習班三樓的一間教室。這是我們崇拜開始的第一天。
6月21日 台北衛理堂正式成立，接受分別來自大陸十六個省份的教友92人。由聶樹德牧師及師母負責。 9月 穆藹仁牧師及師母來台灣，協助發展教會工作。

民國四十三年：
7月 教育部正式承認東吳大學法學院，由施季言先生出任董事長。
8月 衛理堂自漢口街遷到新生南路一段113號鋁製屋頂新堂。

民國四十四年：
2月 原在江西九江任牧職的裴敬思醫生和師母於43年12月來台，自本月開始醫療服務。

民國四十六年：
3月3日 黃會督主持台北新教堂之動土開工典禮。
7月21日 台北生命活水診所舉行奉獻禮，由斐敬思醫師看診。
11月17日 美國費城年會柯遜會督為台北衛理堂行奠基禮。費城地區各教會捐助五萬元美金，作為台北衛理堂之建堂費用，本地教會教友也捐獻了折合一萬二千多元美金的新台幣。

民國四十七年：
9月 台北衛理幼稚園開始招生，有學生48人。
9月19日 黃會督為台北衛理堂新堂舉行獻堂禮，新堂可容納一千多人。原有台北衛理堂之鋁製屋頂教堂，遷至陽明山福音園，作教堂及宿舍。衛理幼稚園開始招生。

民國四十九年：
8月17日 台北衛理堂永和會所成立，方大林牧師任主任牧師。
10月17日 施梅士會督在士林外雙溪為衛理女中舉行動土典禮。

民國五十年：
4月9日 松山家庭聚會(恩友堂前身)開始。
4月16日 永和天恩堂於正式成立，方大林牧師任主任牧師。
4月23日 樹林家庭聚會於開始。
9月10日 台北城中會所成立。
25日 衛理女子中學正式開學，有學生184人，陳紀彝女士任校長。

民國五十一年：
4月15日 聶樹德牧師為永和天恩堂舉行奠基禮。
9月2日 松山教會成立，有五十七位基本教友，高雄牧師為主任牧師。
9月23日 光復路教會成立，有基本教友52人，劉子哲牧師任主任牧師。
10月14日 樹林會所在租用會堂內開始崇拜。

民國五十二年：
3月8日 是中華基督教衛理公會在台灣工作的開始。執事部會議決定，在生命活水診所二樓之上加蓋三樓，作為「青年活動中心」，以推動青年工作。
由多數本堂會友組成之「城中教會」正式成立。

民國五十三年：
8月 彭傳經牧師離台返港。聶樹德牧師全家返台，繼續主持本堂工作。活水診所新添三樓建築，作為青年活動中心。

民國五十六年：
2月 財團法人登記完成。

民國六十一年：
3月 美國聯合衛理公會差會，因政策經濟因素而撤退，本會即開始由華人擔任會長，成為自立自養的教會發展至今。